陈振夏-华中农业大学生命科学技术学院

教授Brief Introduction

教授
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陈振夏
时间:2016-09-20


陈振夏 博士 教授 博士生导师


教育经历

2002-2006 华中农业大学 生命科学技术学院 国家生命科学与技术人才培养基地 理学学士学位

2003-2006 武汉大学 新闻传播学院学院 新闻学 文学学士学位

2006-2011 北京大学 生命科学技术学院生物信息中心 理学博士学位


科研与学术工作经历

20016-至今 华中农业大学生命科学技术学院 教授

2011-2016 美国国立卫生研究院 消化、糖尿病、肾脏病研究所 博士后


研究方向

同一物种个体间在形态、生理和行为上的普遍表型差异是达尔文演化论的基础,而两性个体间的表型差异往往比同性个体间的表型差异更为广泛。但是,两性在基因型上可能完全相同(环境性别决定系统)或仅在单条性染色体上存在差异(染色体性别决定系统),而大部分的表型差异则由性别偏爱性基因表达(即相同基因在不同性别间的差异性表达)引起。研究性别偏爱性基因表达对于理解基因调控、性别发育以及基因组的演化具有重要的理论意义。同时,由于性别偏爱性基因表达也可能导致两性间在疾病患病率和严重度上的差异,因此其研究也具有重要的医学应用意义。

本课题组前期的工作发现动物基因组中普遍存在大量编码性别偏爱性长链非编码 RNA (long non-coding RNA, lncRNA)的倒转重复序列,并揭示它们在整体水平上具有生物学功能。然而,尽管已发现一些性别偏爱性lncRNA可以调控性别发育,但尚有许多仍然功能未知。因此,对性别偏爱性lncRNA基因进行系统的功能性分析具有重要的生物学意义。

目前本课题组的研究主要围绕性别偏爱性lncRNA基因展开,运用高通量测序技术,结合遗传学、分子生物学、发育生物学、演化生物学和生物信息学等手段,对斑马鱼、青鳉鱼、鸡、人等多物种基因组中性别偏爱性lncRNA基因进行系统地识别,并对其起源与演化机制、在性别发育中的功能以及对疾病发生的影响进行深入研究。其研究结果将有助于认识性别偏爱性lncRNA基因的功能,并对实施针对不同性别患者的个性化医疗方案这一目标的实现有重要的指导意义。

本实验室真诚欢迎热爱科学、擅长学习和乐于合作的本科生、研究生、博士生、博士后和其他科研人员的加入。


代表性研究成果

论文

Expressed Structurally-stable Inverted Duplicates in Mammalian Genomes as Functional Noncoding Elements.Chen ZX*, Oliver B, Zhang YE, Gao G, Long M*.Genome Biology and Evolution, 2017. ISSN:1759-6653.

Transcriptional effects of gene dose reduction.Chen ZX*, Golovnina K, Sultana H, Kumar S, Oliver B.Biology of sex differences, 2014, 5(1): 5. ISSN: 2042-6410.

Comparative validation of the D. melanogaster modENCODE transcriptome annotation.Chen ZX#, Sturgill D#, Qu J, Jiang H, Park S, Boley N, Suzuki AM, Fletcher AR, Plachetzki DC, FitzGerald PC, Artieri CG, Atallah J, Barmina O, Brown JB, Blankenburg KP, Clough E, Dasgupta A, Gubbala S, Han Y, Jayaseelan JC, Kalra D, Kim YA, Kovar CL, Lee SL, Li M, Malley JD, Malone JH, Mathew T, Mattiuzzo NR, Munidasa M, Muzny DM, Ongeri F, Perales L, Przytycka TM, Pu LL, Robinson G, Thornton RL, Saada N, Scherer SE, Smith HE, Vinson C, Warner CB, Worley KC, Wu YQ, Zou X, Cherbas P, Kellis M, Eisen MB, Piano F, Kionte K, Fitch DH, Sternberg PW, Cutter AD, Duff MO, Hoskins RA, Graveley BR, Gibbs RA, Bickel PJ, Kopp A, Carninci P, Celniker SE, Oliver B*, Richards S.Genome Research, 2014, 24(7): 1209-1223. ISSN: 1088-9051.

X Chromosome and Autosome Dosage Responses in Drosophila melanogaster Heads.Chen ZX, Oliver B*.G3, 2015, 5(6): 1057-1063. ISSN: 2160-1836.

Sex- and tissue-specific functions of Drosophila doublesex transcription factor target genes. Clough E#, Jimenez E#, Kim YA#, Whitworth C#, Neville MC, Hempel LU, Pavlou HJ,Chen ZX, Sturgill D, Dale RK, Smith HE, Przytycka TM*, Goodwin SF*, Van Doren M*, Oliver B*.Developmental Cell, 2014, 31(6): 761-773. ISSN: 1534-5807

Microenvironmental Gene Expression Plasticity Among Individual Drosophila melanogaster. Lin Y,Chen ZX, Oliver B, Harbison ST*. G3, 2016. 6(12): 4197-4210. ISSN: 2160-1836.

Comparison of normalization and differential expression analyses using RNA-Seq data from 726 individual Drosophila melanogaster. Lin Y, Golovnina K,Chen ZX, Lee HN, Negron YL, Sultana H, Oliver B, Harbison ST*.BMC Genomics, 2016.17: 28. ISSN: 1471-2164


其他成果

发表数据集

RNA-Seq profiles of Drosophila melanogaster S3 cells treated with novel lipid storage inhibitors. Gene Expression Omnibus GSE67503

2. Golovnina K, Chen ZX, Lin Y, Sultana H, Oliver B, Harbison S, 2015. mRNA sequence data of individual Drosophila melanogaster male and female flies from 16 Drosophila Genetic Reference Panel lines reared in replicated environments. Gene Expression Omnibus GSE60314.

3. Chen ZX, Oliver B. 2015. mRNA-Seq of female, male, and sex-transformedDrosophila melanogasterheads from flies heterozygous for deletions on chromosome X and 3L. Gene Expression Omnibus GSE60571.

4. Chen ZX, Oliver B. 2015. CAGE-Seq of gonads and carcasses from D. melanogaster andD. pseudoobscura. Gene Expression Omnibus GSE66284.

5. Sturgill D, Chen ZX, Kopp A, Richards S, Oliver B. 2013. mRNA-Seq of whole adult females and males, and mixed sex embryos, from multipleDrosophilaspecies. Gene Expression Omnibus GSE43321.

6. Oliver B, Chen ZX, Sturgill. 2013. NewDrosophila pseudoobscuraRNA-Seq coverage data. FlyBase.http://flybase.org/cgi-bin/gbrowse/dpse/


发表社科文章

龙漫远,陈振夏. 达尔文和他改变的世界.科学文化评论. 6(4): 13-26 (2009).

陈振夏. 大学生课外活动参与状况调查与研究.华中农业大学学报(社科版), 5,6: 118-121 (2005).


发表科普文章

陈振夏. 果蝇的祖先天生双性恋?牛顿科学世界, (2010)

陈振夏. Y染色体少了,男人要没了?南都周刊, (2009)

陈振夏. 兴趣不是奢侈品. ——从喜欢花鸟虫鱼的日本皇子说起.科学时报, (2008).


其他发表文章

Chen ZX. Genomics: A promising investment opportunity.BiotechBlog(2014).

陈振夏. 《在燕园留下的第一次》. 霍晓丹 编著. 《绚彩燕园青春北大——60位北大优秀毕业生的校园记忆》,北京大学出版社(2011).


科研基金

动物性别演化与发育的分子机制研究,校高层次人才启动经费,主持,2016年9月-2021年9月

芳香化酶抑制剂诱导成年斑马鱼雌到雄性逆转的分子机制研究,国家自然科学基金青年项目,主持,2018年1月1日-2020年12月31日


教改项目

主持校级教学研究与改革项目“《生物信息学》课程PPT的优化与应用”,2017.


获得奖励

入选湖北省教育厅2017年度“楚天学子”

指导本科生于得水的毕业论文《基因组倍增对鱼类新基因产生的作用》获“2017年湖北省优秀学位论文”。

微课《达尔文与生物演化理论》获“2017年全国高校生命科学类微课教学比赛三等奖”。

青年教师讲课竞赛二等奖,生命科学技术学院,2017

杰出科学家奖,美国国立卫生研究院学生学者联谊会,2016

女科学家旅行奖,第十届国际基因组学大会,2015

北京大学优秀博士学位论文,北京大学,2011

北京大学优秀毕业生,北京大学,2011


讲授课程

生物信息学,生命科学导论(慕课)


研究生招生专业

基因组学 发育生物学

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